La guerra de las Comunidades de Castilla contra el rey Carlos I, entre 1520 y 1522, tuvo escaso eco en las provincias vascongadas, por ello resulta llamativa la figura del conde de Salvatierra, conocido como «el comunero alavés».
Las crónicas castellanas nos cuentan que la villa de Salvatierra fue fundada sobre la aldea de Agurain en 1256, de mano del rey Alfonso X, en el contexto del reforzamiento de la artificial frontera creada por su antecesor Alfonso VIII en 1200. Sin embargo, parece que la condición de villazgo de Salvatierra era anterior a esa fecha. El rey de Navarra Carlos II, al tomar posesión de la villa en 1368, debido a su devolución por el tratado de Libourne, firmado por Pedro I de Castilla, junto con gran parte de los territorios perdidos en 1200, afirma que la villa fue «fundada e poblada por los reyes de Navarra».
Pedro I perdió la guerra contra su hermano bastardo Enrique de Trastámara, por quien fue asesinado, y Navarra, por la traición del señor de Gebara, perdió Salvatierra en 1371. El nuevo rey castellano, Enrique II, promete que Salvatierra nunca dejaría de ser villa realenga, sin embargo, puesto que las promesas castellanas suelen ser vanas, sobre todo si provienen de sus reyes, el hijo de Enrique II de Trastámara, Juan I, concedió, el año 1382, la villa en señorío a Pedro López de Ayala, el Canciller Ayala, no sólo a pesar de la promesa de su padre, sino también a pesar de que Alfonso X, en la concesión del Fuero, declarara que los salvaterranos debían tener «todas las franquezas que han los de Vitoria e que no paguen moneda forera a my ny a todos los reyes que reynaren después de my en Castilla o en Leon».
Dentro de esta práctica habitual de los Trastámara de mantener contenta a la nobleza a base de prebendas, ya iniciada por Enrique II, por algo apodado «el de las mercedes», su descendiente Isabel de Castilla dará en 1491 al señor de Salvatierra, otro Pedro López de Ayala, el título de conde de Salvatierra.
Los Ayala se instalarán en principio en la torre que había sobre la puerta de Santa María, de tal manera que desplazan la puerta de entrada a la villa hacia el este, por lo que la calzada correspondiente debía pasar sobre el cementerio anexo a la primitiva iglesia de Santa María, lo que es causa del primer conflicto entre los Ayala y sus nuevos vasallos, al que seguirían otros muchos. Deja bien clara la difícil relación entre los Ayala y los aguraindarras el hecho de que la torre tenía dos puentes levadizos, uno hacia el exterior y otro hacia el interior de la villa.
Un documento de 1592 nos habla de torre y palacio prácticamente contiguos, describiéndonos la torre en la puerta de la muralla, entonces ya en ruinas. Otro documento del siglo XVII nos habla ya de «los suelos del palacio del conde que fue de Salvatierra, que son desde el portal de la Madura hasta la huerta de don Manuel de Luzuriaga, detrás del hospital de la villa».
Los Ayala ostentaron de manera hereditaria los títulos de Canciller de Castilla, Merino mayor de Gipuzkoa, alcalde de Toledo, señores de Ampudia, además de sus otros señoríos alaveses y diversos oficios cortesanos. Por ello, resulta de difícil comprensión la rebelión del conde de Salvatierra contra el rey Carlos I de Castilla, emperador de Alemania, aprovechando la revuelta de los comuneros.
Vencidas sus huestes en Durana, su lugarteniente Pedro de Barahona será ajusticiado en la plaza del Machete de Vitoria. Él intentará refugiarse en Salvatierra, pero sus vasallos le cierran las puertas impidiéndole entrar. Es apresado y recluido en Burgos, donde muere, en circunstancias cuando menos dudosas, en 1524.
Desposeído el conde de todos sus bienes, Salvatierra vuelve al realengo en 1522, según consta en documento que el Ayuntamiento de Agurain recuperó en una subasta de la casa londinense Shottebys el año 2005.
